На початку експозиції мова йде про виникнення нацистської ідеології, її антисемітську спрямованість. У центрі уваги – ідеологічна обробка свідомості німецької молоді, історія створення та функціонування «Гітлерюгенд», передана унікальними експонатами та кадрами документальної кінохроніки. Про «Кришталеву ніч», нацистські расові закони, антисемітську пропаганду в Німеччині та окупованій нацистами Європі розповідають тогочасні фільми, книги, листівки, газети і рідкісні предмети.

Події на українських теренах відтворюються у розділі «Завтра була війна» та в експозиціях, присвячених жахливим подіям після червня 1941-го – евакуація; депортація; гетто; концтабори і «центри знищення»; колабораціонізм; Опір нацизму і подвиг Праведників народів світу.

Відвідувачів не можуть залишити байдужими розповідь про духовний подвиг Митрополита Андрея Шептицького та Бл. Омеляна Ковча, історія спасіння родини Арона Вайса та інші драматичні сторінки історії. Музей не оминає дражливих питань історії, у тому числі – ставлення українських націоналістів до Голокосту, ролі ОУН та УПА в історії євреїв України – та участі самих євреїв у формуваннях УПА.

Однією з емоційно кульмінаційних частин Музею є діорама «Бабин Яр. Бабині Яри України», страшні свідчення масового знищення євреїв – речі та їхні історії, нацистські накази та зафільмовані кадри розстрілів. Величезний обсяг інформації містить мультимедійна карта «Єврейські громади України під час Голокосту»: стислий перелік даних, про які вона повідомляє, складає понад 400 сторінок тексту.

Пам’яті шести мільйонів загиблих присвячений спеціальний «Зал пам’яті – зал імен».