Експозиція складається з розділів, присвячених юдаїзму та духовному світові євреїв, а також ключовим подіям історії євреїв України ХVII–XX століть. Серед експонатів – старовинні сувої Книги Книг, Корони Тори, колекція мезуз, рімонім та інших предметів, а разом з тим – описання драматичних історій реліквій, що були свідками і подій ХІХ століття, і Голокосту. У цьому залі мультимедійні інсталяції, інфокіоски доповнюються відтвореною майстернею єврея-чоботаря та катеринославським фотоательє (де, до речі, можна сфотографуватися за допомогою фотокамери, яка працює і через 100 років).

Особливе місце в Музеї відведено історії хасидизму, життю та діяльності Сьомого Любавицького Ребе Менахема-Мендла Шнеєрсона; доля і діяльність його батька – ребе Леві-Іцхака Шнеєрсона – тісно пов’язані з Катеринославом – Дніпропетровськом.

Експозиція містить унікальні експонати, присвячені участі євреїв у Першій світовій війні, революційних подіях 1917–20-х рр., становленні землеробських колоній тощо. Музейні матеріали спрямовані на розвінчання деяких стереотипних уявлень, як-то про «єврея-комісара» чи «українця – петлюрівського погромщика».

Відвідувачі зможуть чимало дізнатись про сіоністський рух в Україні та про демократизм Української Центральної Ради, про єврейські погроми та ставлення до них Симона Петлюри, про євреїв – радянських лідерів та євреїв – жертв радянського режиму.

Нова експозиція присвячена масовим репресіям 1920–30-х рр., зокрема, євреям у структурах В.Ч.К. – О.Г.П.У. – Н.К.В.С. та євреям – жертвам репресій. У Музеї створена спеціальна експозиція, присвячена Голодомору українського народу 1932–1933 рр., де відображена доля євреїв та інших національних меншин – жертв злочину сталінського режиму.